Sono entrambe giuste, dipende dall'operatività dell'azienda.

Se non prevedi di importare gli estratti conto per un maggiore controllo (tipicamente se non tieni la contabilità in odoo), puoi semplicemente segnare le fatture come pagate direttamente dalle fatture.

Altrimenti puoi anche fare entrambe le cose: segnare alcune fatture come pagate nel momento in cui sai che sono state pagate e poi in riconciliazione abbinare le righe di estratto conto coi pagamenti già registrati.

Oppure fare tutto da estratto conto e chiudere quindi tutti i debiti/crediti aperti da lì.

Però bisognerebbe appunto "calare" il sistema nell'operatività aziendale.

Ti consiglio di partire da qualche video come questo https://www.youtube.com/watch?v=WQ0fXPATFRc

grazie Lorenzo, per la spiegazione. 
In effetti avendo agganciato gli estratti conto viene utile riconciliare.
Immagino che andando in movimenti contabili mi trovi la lista dei pagamenti attivi e passivi e da li possa gestire e analizzare i flussi di cassa.

Oppure c'e' un'altra strada piu' utile o dei report piu' adatti?