Chi ha partita IVA italiana e deve versare IVA allo Stato Italiano, deve versarla in Euro perchè è l'unica valuta accettata dallo Stato.

Era anche in una delle prime FAQ dell'Agenzia delle Entrate sulla fatturazione elettronica:

https://www.agenziaentrate.gov.it/portale/documents/20143/287582/FAQ+pubblicate+il+19+luglio+2019_2.pdf/ba418b4a-9056-491a-b73f-9b47750b93a9 

a pag. 2 scrivono 

"L'art. 21, comma 2, lettera l) del d.P.R. n. 633/72 specifica che "l) aliquota, ammontare dell'imposta e dell'imponibile con arrotondamento al centesimo di euro". Conseguentemente, se la fattura è emessa da soggetti residenti o stabiliti  il codice da inserire nel campo deve essere obbligatoriamente “EUR”. Va da se che i valori da riportare nelle singole righe dei e, in particolare, nei campi 2.2.2.5 e 2.2.2.6 devono essere coerenti con la divisa indicata (nel caso di fattura nazionali, abbiamo detto euro)."

Il commercialista è più indicato per dare risposte a questa questione, IMHO è un baco dell'SDI che anzichè rifiutarti la fattura come compilata con una valuta incoerente, ti considera gli importi in Euro senza avvisarti.